Phù hiệu Vạn Tự màu lục thường được các võ sinh đeo trên ngực áo (trái) và Song Viên bốn màu thống nhất cho toàn thế giới hiện nay (phải)
Manji (卍 – Vạn tự) là biểu tượng của Phật Giáo đã từ nhiều thế kỷ và cũng được dùng như là huy hiệu chính thức của Shorinji Kempo ở Nhật Bản và nhiều chi nhánh quốc tế trong gần sáu thập kỷ kể từ ngày thành lập môn phái.
Omote-manji (表卍 – chữ Vạn quay sang bên Trái) tượng trưng cho tình yêu và lòng nhân từ; Ura-manji (裏卍 – chữ Vạn quay sang Phải) tượng trưng cho sức mạnh và trí tuệ. Cả hai đều tượng trưng cho giáo lý Kongo Zen nhưng các võ sinh thường chỉ đeo phù hiệu Omote-manji.
Manji cũng thường xuyên được nhắc tới như một biểu tượng được hợp thành từ 4 chữ L, viết tắt của 4 từ tiếng Anh: Life, Love, Light, Liberty – đó là bốn điều mà Shorinji Kempo hướng tới.
Bên cạnh đó, còn có võ sinh sử dụng phù hiệu Tate-manji (chữ Vạn trong triện với chữ Quyền – 拳 – ở giữa) hoặc Nagare-manji (manji tròn).
Đến năm 2005, để thống nhất phù hiệu của Shorinji Kempo toàn thế giới và quan trọng hơn là để tiếp tục quảng bá môn phái (tránh nhầm lẫn không đáng có với biểu tượng của Phát xít Đức), WSKO đã quyết định chuyển sang dùng Soen (Song Viên – hai vòng tròn đan vào nhau), là cách điệu của hai manji đứng cạnh nhau.
Mặc dù nhiều võ sinh bảo thủ vẫn muốn giữ phù hiệu cũ do chính Kaiso thiết kế nhưng hiện nay, Soen đã được chấp nhận trên toàn thế giới và được in trên tất cả các vật dụng có liên quan tới Shorinji Kempo (võ phục, đai, lễ phục, giáp bảo hiểm,…).